脂質と結合し、血中運搬を行う蛋白質。先天性脂質代謝異常症や動脈硬化症などの二次脂質代謝異常症の診断に用いられる。

　コレステロール、中性脂肪などの脂質はそのままでは水に溶けないため、リポ蛋白となって血中に溶存している。

　アポ蛋白（アポリポ蛋白）はこのリポ蛋白を構成するタンパクである。リポ蛋白の種類によって、対応するアポ蛋白は概ね決まっている。

　このためアポ蛋白は、リポ蛋白の変動を示す良い指標になり、脂質代謝異常の診断に重要である。各々のリポ蛋白の増減に対してそれに対応するリポ蛋白がパラレルに変動する。現在、十数種類のアポ蛋白が知られているが、以下の6種類がよく測定されている。

A-Ⅰ：
LCAT活性化作用があり、主にHDL₂を構成するためHDL-Cとよく相関する。

A-Ⅱ：
A-Ⅰと共にHDL₃を構成し、肝障害や胆汁うっ滞で顕著な変動が現れる。

B：
コレステロール値とよく相関し、LDLの増加により高値になる。

C-Ⅱ：
主に肝で合成され、リポ蛋白リパーゼ活性化に必須である。

C-Ⅲ：
トリグリセライド値とよく相関する。

E：
C-Ⅲと同様にトリグリセライド値とよく相関するが、カイロミクロンやremnantの増加も反映する。胆汁うっ滞や原発性胆汁性肝硬変でも増加する。現在ではアポEの表現型の分析も可能である（アポ蛋白E表現型の項参照）。

【高値を示す疾患】

［B,E］

動脈硬化症

【低値を示す疾患】

［A-Ⅰ,A-Ⅱ］

動脈硬化症

［B］

低ベータリポ蛋白血症，無ベータリポ蛋白血症